Struktūra

Fakulteto taryba yra aukščiausioji fakulteto savivaldos institucija. Jos nutarimai privalomi visiems fakulteto darbuotojams ir studentams.  

Fakulteto dekanas - prof. Rimvydas Petrauskas.

Prodekanai:
Akademinių reikalų ir tarptautinių ryšių prodekanė  - dr. Loreta Skurvydaitė
Mokslo reikalų ir plėtros prodekanas - dr. Salvijus Kulevičius

Istorijos fakultetą sudaro 4 katedros:
Archeologijos, vedėjas prof. Albinas Kuncevičius
Istorijos teorijos ir kultūros istorijos, vedėjas prof. A. Bumblauskas
Naujosios istorijos, vedėjas prof. Z. Butkus
Senovės ir viduramžių istorijos, vedėjas prof. R. Petrauskas

Fakultete veikiantis  Kultūrinių bendrijų studijų centras priklauso Istorijos teorijos ir kultūros istorijos katedrai (vadovas doc. Dr. G. Potašenko),  o Lietuvos statutų ir Lietuvos metrikos tyrimų grupė (vadovė prof. I. Valikonytė) Senovės ir viduramžių istorijos katedrai.