Mokslinės publikacijos
Monografijos
• Vadimas Adadurovas, et al., Kultūrų kryžkelė: Vilniaus Švč. Trejybės šventovė ir vienuolynas, Vilnius: Vilniaus universitetas, 2017.
Straipsniai
• Justina Kozakaitė, et al., „A Rare Case of Child Abuse from Early Modern Lithuania“, in: International Journal of Paleopathology, 2018, vol. 22, p. 189–197.
• Justina Kozakaitė, et al., „Four Cases of Beheading from 14th–17th Century Lithuania“, in: Anthropologischer Anzeiger, 2018, vol. 75, no. 3, p. 243–249.
• Justina Kozakaitė, et al., „The Corded Ware Culture in the Eastern Baltic: New Evidence on Chronology, Diet, Beaker, Bone and Flint Tool Function“, in: Journal of Archaeological Science: Reports, 2018, vol. 21, p. 538–552.
• Justina Kozakaitė, et al., „Crypt Archaeology: Preliminary Investigations in the Basilian Church of the Holy Trinity of Vilnius, Lithuania”, in: Medicina Historica, 2017, vol. 1, no. 2, p. 128‒130.
• Martynas Jakulis, Justina Kozakaitė, „Lūžę šonkauliai, praskeltos galvos: Vilniaus Švč. Trejybės cerkvėje palaidotų vienuolių sužalojimai“, in: Lietuvos istorijos studijos, 2017, t. 39, p. 24–39.
• Justina Kozakaitė, et al., „Nekropolis ir jo archeologiniai tyrimai“, in: Vadimas Adadurovas, et al., Kultūrų kryžkelė: Vilniaus Švč. Trejybės šventovė ir vienuolynas, Vilnius: Vilniaus universitetas, 2017, p. 224–236.
• Justina Kozakaitė, „XIV–XVII a. Pabaisko apylinkių gyventojų antropologinė apžvalga“, in: Ilona Vaškevičiūtė (sud.), Pabaisko mūšis ir jo epocha, Vilnius: Lietuvos edukologijos universitetas, 2017, p. 355–374.
• Justina Kozakaitė, et al., „Paleoimaging of a Modern Mummy from Lithuania (circa 19th–20th Century)“ , in: Medicina, 2017, t. 53, p. 410–419.
• Justina Kozakaitė, et al., „The 4th Cemetery of the Smeltė suburb of Klaipėda“, in: Historische Archäologie 1/2016, 2017, p. 1–13.
• Justina Kozakaitė, et al., „The Lithuanian Mummy Project: A Historical Introduction“, in: Lietuvos archeologija, 2015, t. 41, p. 131–142.
• Justina Kozakaitė, et al., „Skeletal Pathological Conditions of Lithuanian Mummies“, in: Papers on Anthropology, 2014, vol. 23, no. 1, p. 118–126.
• Povilas Blaževičius, Justina Kozakaitė, Toma Zarankaitė, „Špitolių istorijos atspindžiai Rakaučiznos (Ukmergės raj.) senkapio tyrimų duomenimis“, in: Lituanistica, 2014, nr. 60, p. 91–104.
• Justina Kozakaitė, et al., „Taphonomic Considerations of a Whipworm Infection in a Mummy from the Dominican Church of the Holy Spirit, Vilnius, Lithuania“, in: International Journal of Paleopathology, 2014, vol. 7, p. 83–87.
• Rimantas Jankauskas, Justina Kozakaitė, „Ilgųjų kaulų lūžiai ir išnirimai XIV–XVII a. Alytaus kapinyne“, in: Lietuvos archeologija, 2013, t. 39, p. 73–96.
Kita
• Gabrielė Gudaitienė, et al., Pirmykščio žmogaus kailyje. Už ką esame skolingi akmens amžiaus žmogui?, Vilnius: BALTO print, 2016.
2018 m Vilniaus universitete apginta humanitarinių mokslų istorijos krypties daktaro disertacija „Traumos XIII–XVIII a. Lietuvoje bioarcheologiniais duomenimis“.