Istorija Lietuvoje nuo seno yra viena kertinių tautinės savimonės ir identiteto atramų. Istorijos katedra, kaip atskiras Vilniaus universiteto padalinys, buvo įkurtas 1783 metais. XIX amžiaus pirmojoje dekadoje pradėjo gyvuoti Vilniaus istorijos mokykla. Po universiteto atkūrimo XX amžiuje egzistavo šešios istorijos katedros. Tačiau atskiras Istorijos fakultetas Vilniuje įkurtas tik 1968 metais, padalinus iki tol egzistavusį Istorijos ir Filologijos fakultetą į du.

Istorijos fakultetas įsikūręs Senajame Universiteto ansamblyje aplink jaukų Mikalojaus Daukšos kiemelį. Pirmasis dekanas - doc. dr. Klemensas Semaška, po jo dekano pareigas ėjo doc. dr. Klemensas Sinkevičius, nuo 1976 metų gruodžio - doc. dr. Vytautas Lesčius, 1990 metais fakulteto vairą perėmė prof. dr. Alfredas Bumblauskas, 2002 m. fakulteto dekanu išrinktas prof. dr. Zenonas Butkus. 2007 m. prof. dr. Z. Butkus išrinktas dekanu antrai kadencijai. 2012 m. Istorijos fakulteto dekanu išrinkatas prof. Rimvydas Petrauskas.

Šiuo metu Istorijos fakultete veikia keturios katedros: Archeologijos (vedėjas doc. dr. A. Merkevičius), Istorijos teorijos ir kultūros istorijos (vedėjas prof. dr. A. Bumblauskas), Naujosios istorijos (vedėjas prof. dr. Z. Butkus) bei Senovės ir vidurinių amžių istorijos (vedėjas prof. R. Petrauskas) katedros. Fakultete taip pat veikia šie mokslinių tyrimų padaliniai: Lietuvos Statutų ir Lietuvos Metrikos tyrimų grupė, Kultūrinių bendrijų studijų centras (vadovauja doc. dr. G. Potašenko).