Baigusiems bakalauro studijas, Istorijos fakultetas siūlo tris antrosios pakopos (magistro) studijų programas:
Istorijos fakulteto magsitrantūros studijos pasižymi teorinių ir metodologinių prieigų tarpdalykiškumu ir suteikia galimybę studijuoti archeologiją, istoriją bei Kultūros paveldo studijas. Archeologijos programa gilina bakalauro studijose įgytas teorines ir praktines kompetencijas bei padeda įvaldyti naujas tyrimų metodologijas. Archeologijos magistrai geba savarankiškai formuluoti ir įgyvendinti praktinių ir mokslinių archeologijos srities tyrimų tikslus, uždavinius, gilinti žinias ir jas pritaikyti praktikoje, dirbti tarpdisciplininėse tyrimų grupėse.
Istorijos magistro studijų programa rengia istorikus, kurie dirba ne tik mokslinį tiriamąjį darbą, bet ir, remdamiesi įgytomis žiniomis bei kompetencijomis, prisideda prie Lietuvos visuomenės istorinės savimonės formavimo, Lietuvos ir pasaulio istorijos žinių sklaidos visuomenėje. Šios studijos pratęsia ir gilina pirmosios pakopos istorijos studijas tematine, istoriografine ir šaltinortyrine kryptimis.
Kultūros paveldo studijų programa rengia kvalifikuotus paveldosaugininkus, išmanančius esmines paveldo tyrimų, apsaugos, tvarkymo ir panaudojimo koncepcijas bei metodus, turinčius įgudžių darbui paveldosaugos ir mokslinių istorijos tyrimų srityje.