2022 Viešpaties metams besibaigiant netekome kunigo ir mokytojo, kurį teisėtai galėtume pavadinti taip pat ir Universiteto bendruomenės nariu. Mat svarstant, kuo vyskupo Jono nueitas žemiškojo gyvenimo kelias yra savitas ir reikšmingas, man pirmiausia atėjo į galvą mintis, kad jis yra vienintelis iš Nepriklausomybės metais pašventintų vyskupų, taip glaudžiai susijęs su Vilniaus Universitetu. Visų pirma dėl to, kad XX amžiaus septintame dešimtmetyje tuometiniame Fizikos-matematikos fakultete jis baigė savo pirmąsias studijas. Gal tai ir nebuvo jo pirmasis pasirinkimas, tačiau galimybių studijuoti ką nors kita jis tiesiog neturėjo. Politinio kalinio, Bendro demokratinio pasipriešinimo sąjūdžio prezidiumo nario sūnus ir sovietų valdžios nelabai mėgstamo, kampuoto charakterio rašytojo sūnėnas nebuvo pageidaujamas nei Kauno kunigų seminarijoje, į kurią jis buvo padavęs prašymą, nei humanitarinių ar socialinių mokslų fakultetuose. Vėliau, jau gavęs fiziko diplomą būsimas kunigas ir vyskupas, nesiliovė ieškoti galimybių išpildyti savo tikrąjį pašaukimą, todėl dirbdamas LSSR Mokslų akademijos Fizikos institute ir rengdamas mokslų kandidato disertaciją, slapta studijavo pogrindinėje kunigų seminarijoje. Abi šias rimto atsidėjimo reikalaujančias lavinimosi veiklas Jonas Boruta kažkaip įsigudrino baigti vienu metu. Tais pačiais 1982 m. jis apsigynė kandidatinę (šiuolaikiniu supratimo daktaro) disertaciją, o vyskupas tremtinys Julijonas Steponavičius jam slapta suteikė kunigystės šventimus.
Nuo tada kun. Boruta dviem dešimtmečiams pasitraukė iš akademinės sferos į bažnytinę, nes sovietmečiu jas derinti buvo neįmanoma. Ukrainoje šiandien vykstančio baisaus karo kontekste turbūt prasminga paminėti, kad pirmoji jo kunigiškos tarnystės vieta buvo Chmelnyzkio miestas vakarų Ukrainoje, kur jis po kunigystės šventimų nuvyko pagelbėti ten dirbusiam kun. Vytautui Merkiui SJ ir tuo pačiu kuriam laikui išnykti iš sovietų režimo slaptųjų tarnybų akiračio. Ilgai užsibūti Ukrainoje jam vis dėlto neteko, nes tėvynėje jauno išsilavinusio kunigo laukė daug svarbesnė misija. 1983 m. pradžioje suėmus pirmąjį Lietuvos Katalikų Bažnyčios Kronikos redaktorių kun. Sigitą Tamkevičių SJ, kažkam reikėjo pasirūpinti tolesniu katalikiškojo pasipriešinimo simboliu jau spėjusio tapti, visame pasaulyje žinomo savilaidos žurnalo tolesnė leidyba. Išprusęs jaunas kunigas jėzuitas, neturintis nuolatinės tarnybos vietos, bet turintis platų ryšių tinklą su pogrindyje veikiančiomis moterų vienuolijomis ir pasauliečiais, tokiam uždaviniui tiko bene geriausiai. Bendrai su keliomis slaptoje leidinio redakcijoje pagrindinę naštą nešusiomis moterimis vienuolėmis, jis sugebėjo išlaikyti šį Lietuvos tikinčiųjų savigynos įrankį iki pat religinės laisvės atgavimo slenksčio. Truputį gaila, kad šiais metais, kai buvo minimas Lietuvos Katalikų Bažnyčios Kronikos penkiasdešimtmetis, vyskupas Jonas jau nebegalėjo būti matomas viešumoje, todėl nors ir Lietuvos Respublikos Seimo buvo pagerbtas Laisvės premija, jo indėlis liko tam tikrame šešėlyje.
Atlikęs pirmą, tačiau ne paskutinę savo kunigiškos tarnystės misiją, Jonas Boruta vėl grįžo ten, kur visuomet buvo jo antroji širdies pusė – akademinį gyvenimą. Kaip ir jaunystės studijų laikais, taip ir valstybės (atsi)kūrimo laikotarpiu jis gebėjo sklandžiai derinti kunigišką pašaukimą su akademiniais interesais. Tarp gausybės šio laikotarpio pedagoginių įsipareigojimų ypatingą reikšmę turėjo jo atėjimas dėstyti Bažnyčios istorijos į Vilniaus Universiteto Istorijos fakultetą. Dera atiduoti didelę pagarbą tuometiniams fakulteto vadovams, 1992 m. nepabūgusiems įsileisti dvasininko ir dar jėzuito į Universiteto erdvę, kuri daugiau nei penkiasdešimt metų jiems buvo uždaryta ne vien dėl sovietinio ateizmo, bet ir dėl modernaus sekuliarizmo pagrįstų ir išsigalvotų prietarų. Istoriškai svarbus buvo ne tik (tiek) pats dvasininko grįžimo į Universiteto erdvę faktas, o ir tai, kad tokiu būdu buvo reabilituota ir laisvai galėjo skleistis disciplina, kuri sovietmečiu galėjo egzistuoti tik kaip ateistinės propagandos tarnaitė. Dešimtmetis, kun. Borutos praleistas Istorijos fakultete, paliko sunkiai išdildomą pėdsaką ir lietuviškos istoriografijos, ir žmogiškų santykių aritmetikos lygmenyse.
Pirmuoju atveju – tai nemažas būrelis jaunų istorikų, jo paskatintų tyrinėti Bažnyčios istorijos temas ir taip susieti savo akademinę karjerą su šiuo akademinių interesų lauku. To dėka buvo sudarytos sąlygos bent iš dalies atkurti tai, kas buvo prarasta ar nepadaryta per penkiasdešimt priverstinės tylos metų. Gal ir per drąsiai nuskambės, tačiau drįsčiau teigti, kad vyskupui Jonui per trumpą laiką ir paraleliai su kitais nemažiau svarbiais darbais pavyko sukurti ir savitą Bažnyčios istorijos tyrimų mokyklą, pastebimą daugiaspalvės XXI amžiaus lietuviškos istoriografijos peizaže. Kaip jam buvo įprasta, vyskupas Jonas traukė jaunus žmones (tarp kurių atsitiktinai nusišypsojo malonė pakliūti ir šių eilučių autoriui) ne ypatingais paskaitininko retoriniais gebėjimais ar įspūdį darančiais tyrimų rezultatais, o kiekvienam rodomu tėvišku rūpesčiu, netikėtomis įžvalgomis apie, atrodytų, savaime suprantamais atrodžiusius dalykus, tyliu palaikymu vienose situacijose ar švelniu stumtelėjimu – kitose. Taip ir antruoju atveju. Per tuos savo buvimo Universitete metus vyskupas Jonas, ko gero, daugiau prisidėjo prie dialogo tarp Bažnyčios ir šiuolaikinio pasaulio, tarp tikėjimo ir mokslo atkūrimo negu garsiai, tačiau dažniausiai pro šalį skambantys pamokslaujančios ar naują tikrovę neigiančios Bažnyčios balsai kartu sudėjus. Vyskupo sugebėjimą liudyti savo tikėjimą ne žodžiais, o asmeniniu pavyzdžiu, ne grūmojančiu pirštu, o nuolankumu ir giedra šypsena, rasti bendrą kalbą su kiekvienu čia sutiktu nepraktikuojančiu pakrikštytuoju, taigi, krikščioniu (o tokių, kaip anuomet, taip ir dabar Universitete yra beveik absoliuti dauguma) man patvirtina kolegų, susidūrusių su vyskupu fakulteto koridoriuose, vien tik šilti atsiminimai apie jį.
Dar vienas vyskupo Jono akademinis rūpestis ir nuopelnas, kurio negalima pamiršti, mąstant apie jo nuveiktus darbus – tai sunkiai išmatuojamas jo indėlis nepriklausomoje Lietuvoje atkuriant Lietuvių katalikų mokslo akademiją. Nuo 1991 iki 2006 metų jis buvo tikrasis šios seniausios iš iki šiol šalyje veikiančių akademinių draugijų, šiais metais minėjusios savo šimtmetį, spiritus movens, pajėgęs į ją ne tik suburti skirtingų disciplinų mokslininkus, bet ir nepaversti šio darinio dar vienu siaurai suprastos katalikiškos ideologijos getu. Taigi, ir šiuo atveju vyskupą Joną galime pavadinti savotišku tiltų statytoju – ne vien tarp skirtingų mokslų, tikėjimo ir mokslo pasaulių, bet ir tarp skirtingų istorinių epochų. Net ir 2007 m. paskirtas Telšių vyskupijos ordinaru, viešėdamas Vilniuje vyskupas Jonas pirmiausia visuomet apsilankydavo Pilies gatvėje tuo metu įsikūrusioje LKMA būstinėje, kurioje jau tvarkėsi jo įpėdiniai. Santykis su pastaraisiais, iki pat aktyvaus gyvenimo pabaigos, kaip įprasta, buvo tėviškas, išreiškiamas įprastiniu klausimu: ,,Nu, kaip jūs čia laikotės? A da gyvi?“. Gyvuojam šiek tiek, bet Tavo, Ganytojau ir Mokytojau, gyvybę palaikančios šypsenos labai reikės ir iš anapus...
prof. dr. Arūnas Streikus